Evolutionary Genomics and Transcriptomics [SBOEM165]

Acquis d'apprentissage

Ce cours est réparti entre l'UCLouvain et l'UNamur, totalisant 30 heures d'enseignement et 18 heures de travaux pratiques.

- 18 heures de théorie + 12 heures de travaux pratiques 2 par le Prof. Dennis à l'UNamur
- 12 heures de théorie + 6 heures de volume 2 par le Prof. Melissa Page à l'UCLouvain

Ce cours est destiné à compléter le cours d'écologie moléculaire LBOE2124.

Contenu

Partie génomique (Prof. Dennis, UNamur) :

•     Nous allons discuter : Pourquoi nous assemblons de nouveaux génomes, pourquoi cela est utile dans différents domaines de recherche, les principes de séquençage, d'assemblage et d'annotation fonctionnelle. Nous discuterons de différentes analyses en aval avec des génomes et des exemples tirés de la littérature actuelle.
•     Lors des travaux pratiques, nous séquencerons et assemblerons un petit génome afin d'acquérir une expérience pratique de toutes les parties de ce processus.

Partie transcriptomique (Prof. Melissa Page, UCLouvain) :

•     Histoire : La transcriptomique comme un outil dans la boîte à outils - Pourquoi la transcriptomique connaît-elle un tel succès dans l'évolution et l'écologie ?
•     Méthodologie : Procédure expérimentale - Différences entre génomique et transcriptomique - Limites technologiques et perspectives de la transcriptomique ; Un autre outil dans la boîte à outils : Quantitative Trait Loci ;
•     Etudes de cas utilisant la transcriptomique en écologie évolutive avec un accent sur les études réalisées avec des données obtenues dans la nature : La transcriptomique pour comprendre l'Anthropocène, Etude de cas sur le poisson à épinoche Gasterosteus aculeatus, Transcriptomique chez les papillons, Conclusions conceptuelles générales de ces études de cas ; Conclusions au niveau méthodologique.
•     Practicals : analyse d'un transcriptome non publié et identification de gènes candidats impliqués dans la production d'un trait physiologique sous sélection sexuelle, la phéromone sexuelle d'un papillon modèle.

Disciplines