Gestion avancée de données en sciences de la vie [SBIOB220]
- 2 crédits
- 12h+15h
- 2e quadrimestre
Acquis d'apprentissage
À l'issue de ce cours, l'étudiant devra être capable de :
- Utiliser des fonctions de base et avancées dans le logiciel R afin de traiter un jeu de données depuis son importation jusqu’à l’exportation de graphiques avancés;
- Rédiger un script opérationnel permettant d'appliquer les fonctions avancées d'importation, de manipulation et d'analyse de données avec le langage R;
- Utiliser adéquatement le vocabulaire relatif aux notions informatiques et, en particulier, au langage R.
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Objectifs
L’objectif du cours est de fournir les outils permettant aux futurs scientifiques d'importer, manipuler et analyser des jeux de données à l’aide du logiciel R/Rstudio.
Dans ce contexte, différentes compétences à acquérir ont été définies. Ces compétences sont divisées en 4 niveaux de difficulté : le premier niveau correspond aux compétences normalement acquises au cours d’Introduction à l’informatique I [SBIOB120] ; le dernier niveau reprend les compétences liées à la programmation en tant que telle.
Contenu
L’étudiant acquiert les compétences visées par le cours en réalisant un projet qui sert de base à l’évaluation du cours. Tout au long de ce projet, l’étudiant doit répondre à une série de questions spécialement construites afin d’exercer ces compétences.
Un exemple de projet est présenté au cours théorique et sert de support pour enseigner aux étudiants le fonctionnement de R et les principes de base de la programmation. Le projet est réalisé par les étudiants au cours des séances de travaux pratiques, notamment. Durant ces séances, les étudiants travaillent sur leur projet en autonomie et peuvent demander de l’aide aux assistants. L’avancement de l’étudiant dans son projet et la maîtrise des concepts et outils nécessaires à la réalisation de ce dernier sont évalués en fin de TP (cf. Évaluation). De plus, la version finale du projet est rendue par les étudiants à l’enseignant en fin de quadrimestre. Un examen oral, en session, vient compléter la note de l’étudiant (cf. Évaluation).
Le cours s'articule autour des points suivants :
- Rappel des fonctions de bases dans R
- Grandes étapes dans le traitement d’un jeu de données
- Utilisation de fonctions avancées
- Conseils pour construire de bons graphiques et tableaux dans R
- Exemples d’application
- Résolution d'exercices en autonomie
Description des exercices
Quatre séances de deux heures de travaux pratiques sont prévues. Les modalités de TPs sont expliqués dans un document de consignes déposé sur Webcampus.
Méthodes d'enseignement
Une grande partie du cours présentiel (heures en auditoires et TPs) se déroule au début de quadrimestre. L'étudiant est amené à travailler par lui-même le reste du quadrimestre.
Lors des travaux pratiques, l’étudiant est amené à utiliser les fonctions de base du logiciel R mais également à en apprendre de nouvelles. Pour cela, il devra consulter le cours, les rubriques d’aides du logiciel ainsi que les ressources en ligne (tutoriels, cours, forums, etc.).
Mode d'évaluation
Évaluation continue (pas de seconde session). Il y aura un test à la fin de chaque TP (40%) et un projet (60%). Le projet est défendu oralement à la fin du quadrimestre.
Le projet est constitué de 4 parties, chacune le focus d’un TP. Les étudiants doivent effectuer leur projet seuls. Le html du projet doit afficher toutes les réponses finales.
L’évaluation du cours s’axe sur la réalisation d’un projet personnel : les étudiants reçoivent, en début de quadrimestre, un jeu de données qu’ils doivent décrire, manipuler et représenter afin de répondre à des questions précises posées par les enseignants. Les étudiants travaillent sur leur projet au cours des différentes séances de travaux pratiques ainsi qu’en autonomie.
L’évaluation se déroule en trois temps :
Évaluation des travaux pratiques (40% de la cote finale)
A la fin de chaque séance de travaux pratiques, l’étudiant se connecte à Webcampus et :
· Dépose son script/html document sur la plateforme et le soumet
· Répond au test en ligne
La cote des travaux pratiques correspond à la moyenne des tests de sortie pondérée par le niveau de difficulté de chaque test. La participation à l'ensemble des séances de travaux pratiques est obligatoire.
Projet (60% de la cote finale)
Le projet contient le script clarifié et correctement commenté de l’étudiant.
L’évaluation est complétée par un examen oral (~15 minutes/étudiants) au cours duquel l’enseignant questionne l’étudiant sur sa démarche, son script et sa description des résultats. Lors de cet examen, l’étudiant peut avoir son projet avec lui. L'étudiant se doit de répondre aux questions en utilisant les termes appropriés vus aux cours théoriques. Lors de l’évaluation orale, l’étudiants doit également répondre à une sélection de questions issues des tests en ligne réalisés lors des TPs. Les réponses à ces questions conditionnent la réussite de l’examen oral.
Langue d'enseignement
FrançaisLieu de l'activité
NAMURFaculté organisatrice
Faculté des sciencesRue de Bruxelles, 61
5000 NAMUR
