Biochimie expérimentale [MPHAB203]

Acquis d'apprentissage

Au terme de son apprentissage, l’étudiant sera en mesure de:

• Utiliser de manière appropriée les appareillages et le matériel de laboratoire utilisés en biochimie (balance, pH-mètre, spectrophotomètre, centrifugeuse, pipette, micropipette, cuvette spectrophotométrique, plaque 96 puits, papier pH, pipette Pasteur, verrerie, colonne de séparation, filtre).
• Préparer une solution d’une concentration définie à partir d’une poudre ou d’un liquide.
• Réaliser une dilution.
• Préparer une solution tampon et comprendre son utilité.
• Réaliser une droite d’étalonnage et un dosage spectrophotométrique.
• Quantifier l’activité d’une enzyme par dosage spectrophotométrique d’un produit ou substrat.
• Purifier une protéine d’intérêt par chromatographie par échange d’ion et centrifugation différentielle.
• Rédiger un compte-rendu d’expérience.
• Analyser des données brutes expérimentales et les présenter en utilisant un tableur (Excel).
• Interpréter des données expérimentales et émettre un avis critique sur celles-ci.
• Développer une capacité de gestion optimale du temps et du travail en binôme.
• Restituer le nom, le code 1 lettre, le code 3 lettres, la structure, le pKa et la classe (selon la polarité de la chaîne latérale) des acides aminés.
• Restituer les caractéristiques de la liaison peptidique et savoir dessiner un peptide avec une ionisation correcte en fonction d’un pH défini.
• Restituer les niveaux de structure des protéines.
• Comprendre et restituer les principes théoriques des techniques de séparation suivantes: chromatographie par échange d’ion, électrophorèse et chromatographie d’exclusion moléculaire.
• Connaître les 3 linéarisations utilisées en enzymologie et savoir calculer les constantes cinétiques enzymologiques à partir de ces linéarisations.
• Identifier le type d’inhibition d’un inhibiteur enzymatique à partir de son impact sur les constantes cinétiques.
• Elaborer un protocole de dosage enzymologique en choisissant le matériel et la méthode adéquate pour sa réalisation.

Contenu

• Préparation de solutions et exercices de spectrophotométrie.
• Caractéristiques structurales des acides aminés et des protéines.
• Caractéristiques chimiques et techniques de séparation des acides aminés et des protéines.
• Exercices d’enzymologie.
• Mise au point d’un protocole d’enzymologie : étude de la cinétique enzymatique de la phosphatase alcaline.