Bioinformatic Approach of Microbial Genomes and Metagenomes [SMMMM116]

Acquis d'apprentissage

A la fin du cours, l'étudiant sera capable d'effectuer des analyses de séquences protéiques, de prédiction de la structure des protéines et de comprendre les bases de la reconstruction phylogénétique.

L'étudiant sera capable d'effectuer certaines analyses génomiques, comme l'assemblage, la cartographie avec des génomes de référence, l'appel de variantes et les analyses comparatives.

Objectifs

Donner les principes de base des méthodes bioinformatiques pour l'analyse des protéines et des génomes et discuter de la puissance et des limites de la bioinformatique.

Appliquer des méthodes bioinformatiques pour identifier les gènes/protéines, prédire leurs fonctions, établir des relations évolutives et prédire la structure des protéines et les complexes protéiques, la génomique comparative et les outils d'intégration -des donnés -omiques.

Contenu

Le cours est divisé en modules :

1. Analyses de séquences protéiques, phylogénie, prédiction de la structure des protéines, bases de données

2. Génomique.

Table des matières

Module protéines

• Recherche dans la base de données

• Alignement de séquence (par paire)

• Alignement de plusieurs séquences

• Ontologie des gènes

• Prédiction de la structure des protéines avec AlphaFold2 et alignement structurel.

• Phylogénie

Module Génomes Annotation du génome

• Assemblage/annotation du génome

• Génomique comparée

• Métagénomique

Description des exercices

TP sessions et Projets bioinformatiques