Cours 2017-2018

Analyse des données biologiques [SBOEM112]

  • 3 crédits
  • 12h+18h
  • 1er quadrimestre
Langue d'enseignement: Français
Enseignant: Depiereux Eric

Acquis d'apprentissage

Au terme de ces activités d’apprentissage, les étudiants auront :

-acquit une autonomie de base pour la mise sur pied d'une expérience scientifique et la gestion des données qu'elle engendre

-la capacité de choisir les outils statistiques adéquats pour analyser les résultats d’une expérience et les mettre en œuvre à l’aide du logiciel statistique R.

-la capacité d’interpréter de façon critique leurs résultats.

-la capacité d' appliquer des outils d'inférence et de prédiction pour répondre aux questions scientifiques posées sur le phénomène étudié.

 

 

Objectifs

Sensibiliser à la nécessité de la planification préalable à toute experimentation, mobiliser les acquis des années antérieures, maitriser le logiciel R dans le domaine du triatement des données écologiques et introduire de nouvelles techniques et faire percevoir les limites de leurs compétences afin qu’ils n’hésitent pas à prendre conseil.

Contenu

Le cours prévoit un module 1 de modélisation linéaire et une introduction à la modélisation non linéaire (UCL) et un module 2 d'analyse multidimensionnelle (UNamur). La pratique se base sur l’utilisation du logiciel R.

 

Table des matières

Module 1 (Prof. El Ghouch Anouar)  : Modélisation statistique linéaire

Expériences factorielles : Réponses, facteurs, structure d'une expérience, combinaisons de facteurs, approche

factorielle, principes de planification expérimentale. Rappel des modèles linéaires classiques :

Facteurs quantitatifs, qualitatifs, choix fixe ou aléatoire des modalités, matrice d'expérience, paramètres. Modèles linéaires généralisés.

Module 2 (Prof. Depiereux Eric): Analyse multidimensionnelle

Matrice de corrélation, diagonalisation, décomposition en vecteurs et valeurs propres, Analyse en Composantes

principales, Analyse canonique des correspondances.

 

Description des exercices

Module 2  Tps (50%) : réalisation d’analyses multivariées en R et interprétation des résultats.  Evaluation continue  (50% de la note du module). Pas de seconde session.


Méthodes d'enseignement

Module 1 (Prof. El Ghouch Anouar)  Le cours est composé d'exposés et de travaux pratiques.

Module 2 (Prof. Depiereux Eric) Le cours est composé de séances d’auto-apprentissages, de classes inversées et de séances de travaux pratiques, suivant un échéancier posté sur la plateforme Webcampus.

 

 

Mode d'évaluation

Module 1 Examen écrit sur ordinateur. Réalisation d’un script en R sur base d’une question biologique et d’un jeu de données.  Interprétation et validations des modèles.

Module 2 Evaluation continue durant les classes inversées (50%) : réalisation d’analyses multivariées en Excel et interprétation des résultats, et durant les séances de Tps (50%) : réalisation d’analyses multivariées en R et interprétation des résultats. Pas de seconde session.

Chaque titulaire attribuera une note sur base de son évaluation spécifique qui interviendra pour 50% de la note finale.

Toutefois si l'une des deux notes est inférieure ou égale à 10/20, la note finale sera la plus basse des deux. Les notes partielles ≥10/20 sont acquises pour l’année académique en cours.

Sources, références et supports éventuels

De la variabilité aux risques d'erreur : analyse critique des résultats expérimentaux et de la fiabilité d'une décision clinique. Eric Depiereux. Presses universitaires de Namur, 2013 ISBN : 978-2-87037-789-5

Pratique des biostatistiques http://webapps.fundp.ac.be/biostats/

Analyzing Ecological Data. Zuur, Alain, Ieno, Elena N., Smith, Graham M. (2007) Springer,

ISBN: 978-0-387-45967-7 (Print) 978-0-387-45972-1 (Online)

Caspules vidéo

 

 

Langue d'enseignement

Français

Lieu de l'activité

NAMUR

Faculté organisatrice

Faculté des sciences
Rue de Bruxelles, 61
5000 NAMUR

Cycle

Etudes de 2ème cycle