Cours 2020-2021

Analyse des données biologiques [SBOEM112]

  • 5 crédits
  • 24h+36h
  • 1er quadrimestre
Langue d'enseignement: Français
Enseignant: Depiereux Eric

Acquis d'apprentissage

Les modalités prévues dans cette fiche descriptive sont susceptibles d'être modifiées en fonction des dispositions prises suivant l'évolution de la situation sanitaire 

 

Au terme de ces activités d’apprentissage, les étudiants auront :

-acquis une autonomie de base pour la mise sur pied d'une expérience scientifique et la gestion des données qu'elle engendre;

-la capacité de choisir les outils statistiques adéquats pour analyser les résultats d’une expérience et les mettre en œuvre à l’aide du logiciel statistique R;

-la capacité d’interpréter de façon critique leurs résultats;

-la capacité d'appliquer des outils d'inférence et de prédiction pour répondre aux questions scientifiques posées sur le phénomène étudié.

 

 

Objectifs

Sensibiliser à la nécessité de la planification préalable à toute experimentation, mobiliser les acquis des années antérieures, maitriser le logiciel R dans le domaine du triatement des données écologiques et introduire de nouvelles techniques et faire percevoir les limites de leurs compétences afin qu’ils n’hésitent pas à prendre conseil.

Contenu

Module 1 (UCLouvain): Modélisation statistique linéaire

 

– Régression linéaire simple et muliple, y compris l'AN(C)OVA

– Modèles linéaires généralisée: régression logistique et régression de Poisson

– Modèles linéaires mixtes

– Mise en oeuvre dans le logiciel R

 

Module 2 (UNamur): Exploration de données multivariées

 

– Matrices de données

– Techniques utiles de l’algèbre matricielle

– Régression linéaire multiple (sans inférence)

– Analyse en composantes principales

– Classification

– Analyse canonique des correspondances

– Mise en oeuvre dans R et dans Excel.

Table des matières

Module 1 (Prof. El Ghouch Anouar)  : Modélisation statistique linéaire

Expériences factorielles : Réponses, facteurs, structure d'une expérience, combinaisons de facteurs, approche

factorielle, principes de planification expérimentale. Rappel des modèles linéaires classiques :

Facteurs quantitatifs, qualitatifs, choix fixe ou aléatoire des modalités, matrice d'expérience, paramètres. Modèles linéaires généralisés.

Module 2 (Prof. Depiereux Eric): Analyse multidimensionnelle

Matrice de corrélation, diagonalisation, décomposition en vecteurs et valeurs propres, Analyse en Composantes

principales, Analyse canonique des correspondances.

 

Description des exercices

Module 2  Tps (50%) : réalisation d’analyses multivariées en R et interprétation des résultats.  Evaluation continue  (50% de la note du module). Pas de seconde session.


Méthodes d'enseignement

Les modalités d'enseignement et d'évaluation des unités d'enseignement ont été rédigées en fonction de la situation à la rentrée académique 2020-2021. Cependant, ces modalités pourraient faire l'objet de modifications en fonction de l'évolution de la crise sanitaire liée à la covid-19. Les étudiants seront informés de toute modification de la situation générale (passage à l'enseignement à distance partiel ou complet) par les autorités de l'UNamur tandis que les modifications propres à chaque unité d'enseignement leur seront communiquées par les enseignants, via webcampus

Cours magistraux et travaux pratiques en salle informatique.

Pour le module 2 (UNamur), des séances d’auto-apprentissage et classes inversées, les consignes sont données à la première heure de cours.

 

 

Mode d'évaluation

Les modalités d'enseignement et d'évaluation des unités d'enseignement ont été rédigées en fonction de la situation à la rentrée académique 2020-2021. Cependant, ces modalités pourraient faire l'objet de modifications en fonction de l'évolution de la crise sanitaire liée à la covid-19. Les étudiants seront informés de toute modification de la situation générale (passage à l'enseignement à distance partiel ou complet) par les autorités de l'UNamur tandis que les modifications propres à chaque unité d'enseignement leur seront communiquées par les enseignants, via webcampus

Chaque titulaire attribuera une note sur 10 sur base de son évaluation spécifique qui interviendra pour 50% de la note finale. Pour réussir, il faut que la somme des deux notes soit au moins 10/20 et que chaque note soit au moins 4/10. Les notes partielles à partir de 5/10 sont acquises pour l'année académique en cours.

 

Module 1 (UCLouvain): examen écrit pendant la session d'examens. Test dispensatoire pour une partie de l'examen vers la fin des cours.

 

Module 2 (UNamur): Evaluation continue durant les classes inversées (50%) : réalisation d’analyses multivariées en Excel et interprétation des résultats, et durant les séances de Tps (50%) : réalisation d’analyses multivariées en R et interprétation des résultats. Pas de seconde session. Les modalités prévues pour les examens sont susceptibles d'être modifiées en fonction des dispositions prises suivant l'évolution de la situation sanitaire. Discussion au premier cours.

Sources, références et supports éventuels

De la variabilité aux risques d'erreur : analyse critique des résultats expérimentaux et de la fiabilité d'une décision clinique. Eric Depiereux. Presses universitaires de Namur, 2013 ISBN : 978-2-87037-789-5

Analyzing Ecological Data. Zuur, Alain, Ieno, Elena N., Smith, Graham M. (2007) Springer,

ISBN: 978-0-387-45967-7 (Print) 978-0-387-45972-1 (Online)

– Page Moodle du cours: https://moodleucl.uclouvain.be/course/view.php?id=7525

– Site web auto-apprentissage Module 2 (UNamur): http://webapps.fundp.ac.be/umdb/biostats2017/

– Code informatique du livre: http://highstat.com/index.php/analysing-ecological-data

Vidéos

 

Générique

 

Préequis: voir fiche de cours SBIOB205

Corrélation, détermination , régression

 

Module 20-1 

Module 20-2

Module 20-3

Module 20-4

 

 

Tableaux, matrices, rotation orthogonale 

 

module-220-10

module-220-20

module-220-30

 

Régression multiple

 

module-230-10

 

Vecteurs et valeurs propres, ACP

 

module-240-10

module-240-20

module-240-30

module-240-40

module-240-50

 

 

 

 

 

Langue d'enseignement

Français

Lieu de l'activité

NAMUR

Faculté organisatrice

Faculté des sciences
Rue de Bruxelles, 61
5000 NAMUR

Cycle

Etudes de 2ème cycle