Utilisation des bases de données –omiques pour la biologie cellulaire [SBIOB356]

Learning outcomes

Familiarisation avec le vocabulaire et les approches expérimentales des analyses à haut débit. 

Perception de leurs puissance et limitations.

Acquisition d'une méthodologie permettant d'exploiter et d'interpréter un data set protéomique.

Objectives

Ce cours vise à familiariser l'étudiant avec les techniques d'analyses à haut débit, telles que la métabolomique, la lipidomique, la protéomique et les applications du séquençage d'ADN à haut débit. Les principes, les atouts et les limitations de ces différentes approches seront présentés et illustrés par des exemples/applications.

 

Content

Pour la partie Arnould :

Intervenants extérieurs visant à développer

1) la métabolomique reposant différents aspects de spectrométrie de masse

2) utilisation de la métabolomique dans le cadre du cancer

3) la lipidomique

Pour la partie De Bolle :

Applications découlant de la possibilité de réaliser du séquençage à haut débit (Tn-seq, ChIP-seq, RNA-seq, Hi-C, Ribo-seq, CLIP-seq, FAIRE-seq, ATAC-seq)

Pour la partie Renard :

1) Introduction à la protéomique

2) Spectrométrie de masse pour l'analyse des protéines

3) Identification des protéines : du spectre à la banque de données

4) Stratégies et exemples d'analyses quantitatives 

Table of contents

1) Introduction et objectifs

2) Lipidomique et métabolomique

3) Protéomique

4) Génomique

Exercises description

Un data set protéomique est présenté et confié aux étudiants. Les stratégies d'analyse leur sont expliquées. 

En binôme, les étudiants doivent analyser le data set et en extraire des informations biologiques pertinentes. L'évaluation repose sur la présentation de leur résultat.