Statistiques avancées en sciences de la vie [SBIOB324]
- 4 crédits
- 36h+24h
- 2e quadrimestre
Langue d'enseignement: FrançaisEnseignant: Lima Mendez Gipsi
Acquis d'apprentissage
Savoir appliquer des analyses de régression
Apprendre à faire et interpréter les alignements de séquences et les arbre de regroupement.
Objectifs
Savoir appliquer une boîte à outils diverses pour faire des analyses avancées en sciences.
Ce cours initiera les étudiants à la bioinformatique. Les étudiants apprendront à effectuer des alignements de séquences, comprendront comment dériver et interpréter les scores d'alignement et apprendront à regrouper des données.
Contenu
Le cours comprend deux modules principaux : statistiques et bioinformatique.
Statistiques:
1. ANOVA 1 et 2
2. Tests non-paramétriques
3. Régression linéaire multiple
4. ANCOVA
5. Modèles linéaires mixtes
Bioinformatique
6. Alignements de séquences
7. Regroupement de données.
Table des matières
Description des exercices
Séances de TPs en ordinateur, en utilisant le logiciel R et logiciels de alignements de sequences.
Co-requis
Les unités d’enseignement d’une des propositions suivantes:
- Méthodologie scientifique et statistique [SBIOB218]
- Introduction à la statistique médicale [MMEDB283]
- Biostatistique [MBIOB131]
Méthodes d'enseignement
Stats: Autoapprentissage; séances de questions-réponses, TPs
Bioinformatique: Séances pratiques précédées d'une introduction théorique.
Mode d'évaluation
L'évaluation est divisée en questions théoriques et résolution d'exercices, tant pour les modules de statistiques que de bioinformatique.
Résolution d'exercices: séances pratiques programmées pendant le quadrimestre (2 seances stats + 1 séance bioinfo),
Stats: analyse de données statistiques sur ordinateur, à livre ouvert, avec R.
Bioinfo: Analyses de sequences et regroupement de données, à livre ouvert.
Evaluation théorie:
Stats: Questions théoriques (pas obligatoires) après le TP du sujet concerné (10 mins), au début du TP suivant. Lors de ces tests, vous ne pourrez pas consulter le cours ni accéder à internet. Ces tests de pré-session peuvent vous accorder la dispense de l'examen de théorie de première session. Pour obtenir la note de pré-session on supprime la note la plus basse, et on fait la moyenne du reste. Pour obtenir la dispense de l'examen de théorie , l'étudiant doit avoir réussi une majorité de tests (nombre de tests - 2) et avoir une note moyenne supérieure à 10.
Ceux qui ne passent pas les examens théoriques ou ne réussissent pas, passent l'examen théorique en première session.
Les étudiants qui, malgré la réussite des mini-tests, souhaitent passer l'examen dès la première session peuvent le faire. Cela implique qu'ils renoncent à leur note de pré-session pour la partie théorique.
Bioinformatique: La théorie du module bioinformatique sera évaluée avec la partie pratique. Les étudiants doivent discuter et interpréter les résultats des exercices pratiques et répondre à des questions sur la théorie sous-jacente.
Note globale
La note globale est laissée à l’appréciation de l’équipe enseignante sur base de la note des mini-tests ou de l’examen de juin (40%), la note de TPs (40%) et la note de la partie bioinformatique (20%). Pour réussir l’ UE une note globale >10 est nécessaire. Cependant, une note d'au moins 8 dans chaque partie (Exercices de résolution et théorie) pour chacun des modules, Statistiques et Bioinformatique, est nécessaire pour réussir l’unité d’enseignement (UE). Sinon la moyenne est plafonnée à 9.
La participation de l’étudiant pendant le cours peut lui donner un bonus pouvant atteindre 0,5 point sur la cote de première session.
Sources, références et supports éventuels
1. Matériel accessible sur webcampus
2. Facultative: Mohr, D. L., et al. (2021). Statistical Methods, Elsevier Science.
Langue d'enseignement
FrançaisLieu de l'activité
NAMURFaculté organisatrice
Faculté des sciencesRue de Bruxelles, 61
5000 NAMUR
