Cours 2017-2018

Biostatistiques et bioinformatique [SBIOB324]

  • 3 crédits
  • 15h+45h
  • 2e quadrimestre
Langue d'enseignement: Français
Enseignant: Depiereux Eric

Acquis d'apprentissage

Biostatistiques (Biologistes et vétérinaires, 2 crédits)

Analyse statistique des données expérimentales, depuis l'examen des données expérimentales jusqu'aux conclusions biologiques et  médicales.

Bioinformatique (Biologistes, 1 crédit)

Maîtrise de la syntaxe de base du logiciel R. Maîtrise conceptuelle et pratique des méthodes d'analyse de séquences et des bases de données disponibles sur le Web

Objectifs

Evaluer de façon critique un planning experimental, des méthodes d'échantillonnage et la probabilité des résultats obtenus.

Tirer des conclusions scientifiques de l'intervalle de confiance et des p value représentés dans des tableaux et des représentations graphiques.

Interpréter adéquatement l'expérience,  les données, les figures et les textes présentant les résultats.

Gérer le risque d'erreur associé aux conclusions. Approche technique et critique des outils de traitement des données expérimentales et d'exploitation des bases de données.

Contenu

I. Biostatistique (Biologistes et vétérinaires)

Planification d'epérience et modèles d'analyse, en ANOVA et Régression. Gestion des risques d'erreur et interpréation des résultats.

II. Introduction à la Bioinformatique (Biologistes)

Syntaxe de base du logiciel R, concepts et pratique de l'analyse de séquences peptidiques et nucléotidiques et de la structure tridimensionnelle de protéines

 

Table des matières

BIOSTATISTIQUE

Comparaisons de moyennes : ANOVA I fixe
Contrastes ou comparaisons post-hoc
Régression sur une variable quantitative
Critères de classification de l’ANOVA
Interaction de deux critères croisés
Généralisation des modèles d’ANOVA
Interprétation du critère aléatoire
 

BIOINFORMATIQUE

Syntaxe de base du logiciel R
Alignements, recherches d'homologies et prédictions de domaines sur base de séquences protéiques
Examen de la structure tridimensionnelle de protéines
Formats et annotations de séquences nucléotidiques
Recherche d'homologies sur base de séquences nucléotidiques
Analyse de génomes procaryotes et eucaryotes
Analyse de séquences nucléotidiques

Description des exercices

Séances d'exercices sur ordinateur, encadrées et obligatoires. Les absences non justifiées d'un document officiel (certificat médical, convocation de justice ...) à remettre à l'assistant à la séance suivante seront sanctionnées de -1 point sur la cote finale de première session.

Pool B02 et B03, Extension biologie (Sous-sol, entrée au coin de la rue de Bruxelles et de la rue Lelièvre)

 

Q1 biostatistiques TP 1 (3h) : ANOVA 1 dans Excel Module 140 : Analyse de la variance à 1 critère de classification: ANOVA 1 TP 2 (3h) : Contrastes de Scheffé + Régression dans l'ANOVA 1 Module 150 : Contrastes de Scheffé Module 170 : Régression dans l'ANOVA 1 TP 3 (3h) : Anova 1 aléatoire + Introduction au logiciel R Module 180 : ANOVA 1 aléatoire TP 4 (3h) : ANOVA 2 croisée fixe + Critères de classification dans l'ANOVA Module 200 : ANOVA 2 croisée fixe Module 190 : Les critères de classification dans l'ANOVA TP 5 (3h) :

Q2  logiciel R  (15h) , y inclu évaluation  -  Bioinfomatique  (15h) , y inclu évaluation


Pré-requis

Les unités d’enseignement d’une des propositions suivantes:

  1. Introduction aux statistiques médicales [MMEDB283]
  2. Biostatistique [MBIOB131]
  3. Méthodologie scientifique et statistique [SBIOB218]
  4. Notions de statistiques [SBIOB205]

Méthodes d'enseignement

En statistiques (Biologistes et vétérinaires), le cours repose sur un livre de référence très détaillé qui représente le "contrat contenu" à maîtriser par les étudiants.  Le cours ex-cathedra ne couvre pas tous les points repris dans le livre et se concentre sur les principaux obstacles de l'apprentissage. Ce dispositif est doublé d'un site web d'auto apprentissage http://webapps.fundp.ac.be/biostats/ qui est le fruit d'une collaboration étroite entre différents spécialistes de cette matière et d'un site web d'évaluation formative http ://Webapps.fundp.ac.be/umdb/etests/ L'utilisation de ces dispositifs numériques complémentaires (Modules 140 à 210)  représentent un ECTS de travail personnel.

En Bioinformatique , des séances mixtes théorie/exercices sont données sur le logiciel R et les outils d'anayse de séquences de sequences sur des sites Web internationaux, l'évaluation est intégrée à ces séances.

Mode d'évaluation

Biostatistiques (Biologistes et Vétérinaires, 2 crédits)

La partie théorique est évaluée par un QCMs. Les calculettes ne sont pas admises ni nécessaires. L'étudiant doit donc être capable d'effectuer des opérations simples par calcul mental. Le cours ne requiert pratiquement aucun effort de mémoire. Une copie des tables et formulaire (annexe du site web et du syllabus) est disponible individuellement. Les coefficients de certitude (de 0 à 3) sont calibrés pour qu'un étudiant qui répond correctement à toutes les questions avec certitude 2 ait une cote de 20/20. L'omission (coéfficent 0) n'est pas pénalisée. Un étudiant ne sera pas mis en échec à cause d'une pénalité due aux coefficients de certitude.Le site eTests propose des auto évaluations par des questions similaires à celles de l'examen.

La partie pratique est évaluée par une des deux compétences tirées au hasard à l'entrée de l'évaluation : analyse de données sur ordinateur (tableur Excel) ou diagnostic d'un modèle d'analyse et détermination des tests à réaliser. La partie théorique et la  partie pratique interviennent pour 50% dans la cote de biostatistiques. Cependant une cote < 8 dans l'une des parties entraine un échec global en biostatistiques.

Bioinformatique (Biologistes, 1 crédit) :

En bioinformatique évaluation dans le cadre des Tps : 50% : méthodes bioinformatiques;  50% : traitement de données par le logiciel R.

Biologistes

Les cotes de biostatistiques (70%) et bioinformatique (30%) forment la cote finale des 3 crédits. Une des deux cotes < 8 entraine un echec global.

Pour tous:

Une cote ≥ 10 sur l'une des parties est acquise. Dans ce cas les crédits seront acquis globalement lorsque la seconde cote sera ≥ 10.   Bonus : les remarques pertinentes et originales sur le livre et autres supports du cours communiquées avant le début de la session d'examen selon les modalités décrites sur Webcampus seront bonifiée d'un bonus pouvant atteindre 0,5 point  sur la cote de première session. Malus : l'absence injustifiée aux Tps est sanctionnée sur la cote finale (voir Description TP/Exercice)
 

 

 

Sources, références et supports éventuels

De la variabilité aux risques d'erreur : analyse critique des résultats expérimentaux et de la fiabilité d'une décision clinique. Eric Depiereux. Presses universitaires de Namur, 2013 ISBN : 978-2-87037-789-5

Capsules vidéos du cours de statistiques (liens sur Webcampus)

Capsules vidéos apprentissage du logiciel R (liens sur Webcampus)

Langue d'enseignement

Français

Lieu de l'activité

NAMUR

Faculté organisatrice

Faculté des sciences
Rue de Bruxelles, 61
5000 NAMUR

Cycle

Etudes de 1er cycle