Gestion avancée de données en sciences de la vie [SBIOB220]
- 2 crédits
- 15h+12h
- 2e quadrimestre
Langue d'enseignement: FrançaisEnseignant: Lima Mendez Gipsi
Acquis d'apprentissage
Les modalités prévues dans cette fiche descriptive sont susceptibles d'être modifiées en fonction des dispositions prises suivant l'évolution de la situation sanitaire
À l'issue de ce cours, l'étudiant devra être capable de :
- Utiliser des fonctions de base et avancées dans le logiciel R afin de traiter un jeu de données depuis son importation jusqu’à l’exportation de graphiques avancés;
- Rédiger un script opérationnel permettant d'appliquer les fonctions avancées d'importation, de manipulation et d'analyse de données avec le langage R;
- Utiliser adéquatement le vocabulaire relatif aux notions informatiques et, en particulier, au langage R.
Objectifs
L’objectif du cours est de fournir les outils permettant aux futurs scientifiques d'importer, manipuler et analyser des jeux de données à l’aide du logiciel R.
Dans ce contexte, différentes compétences à acquérir ont été définies. Ces compétences sont divisées en 4 niveaux de difficulté : le premier niveau correspond aux compétences normalement acquises au cours d’Introduction à l’informatique I [SBIOB120] ; le dernier niveau reprend les compétences liées à la programmation en tant que telle – compétence qui seront perfectionnées au cours de Biostatistique et bioinformatique [SBIOB324].
Si l'étudiant maîtrise pleinement :·
- Le niveau 1 (Prise en main de R et fonctions de base), il obtient la cote de 8/20 ;
- Le niveau 2 (Conditions logiques et graphiques avancés), il obtient la cote de 16/20 ;
- Le niveau 3 (Fonctions avancées et exportations), il obtient la cote de 18/20 ;
- Le niveau 4 (Début de programmation), il obtient la cote de 20/20 ;
Contenu
L’étudiant acquiert les compétences visées par le cours en réalisant un projet qui sert de base à l’évaluation du cours. Tout au long de ce projet, l’étudiant doit répondre à une série de questions spécialement construites afin d’exercer ces compétences.
Un exemple de projet est présenté au cours théorique et sert de support pour enseigner aux étudiants le fonctionnement de R et les principes de base de la programmation. Le projet est réalisé par les étudiants au cours des séances de travaux pratiques, notamment. Durant ces séances, les étudiants travaillent sur leur projet en autonomie et peuvent demander de l’aide aux assistants. L’avancement de l’étudiant dans son projet et la maîtrise des concepts et outils nécessaires à la réalisation de ce dernier sont évalués en fin de TP (cf. Évaluation). De plus, la version finale du projet est rendue par les étudiants à l’enseignant en fin de quadrimestre. Un examen oral, en session, vient compléter la note de l’étudiant (cf. Évaluation).
Le cours s'articule autour des points suivants :
- Rappel des fonctions de bases dans R
- Grandes étapes dans le traitement d’un jeu de données
- Utilisation de fonctions avancées
- Conseils pour améliorer la présentation des résultats
- Conseils pour construire de bons graphiques et tableaux dans R
- Exemples d’application - séminaire avec intervenants (chercheurs, gestionnaires et étudiants)
- Résolution d'exercices en autonomie
Description des exercices
Quatre séances de deux heures de travaux pratiques sont prévues. Les modalités de TPs sont expliqués dans un document de consignes déposé sur Webcampus.
Méthodes d'enseignement
Une grande partie du cours présentiel (heures en auditoires et TPs) se déroule au début de quadrimestre. L'étudiant est amené à travailler par lui-même le reste du quadrimestre.
Le cours théorique est divisé en cinq volets :
- Une brève introduction sur l’intérêt des outils informatiques et de la programmation dans le cadre de la démarche scientifique ;
- Un exemple de traitement d’un jeu de données étapes par étapes ;
- Un séminaire au cours duquel des étudiants, chercheurs et gestionnaires viennent présenter des exemples d’utilisation du logiciel R pour répondre à des questions scientifiques diverses et variées ;
- Un approfondissement des principes liés à la description et à la représentation des données scientifiques.
Lors des travaux pratiques, l’étudiant est amené à utiliser les fonctions de base du logiciel R mais également à en apprendre de nouvelles. Pour cela, il devra consulter le cours, les rubriques d’aides du logiciel ainsi que les ressources en ligne (tutoriels, cours, forums, etc.). Il a également à sa disposition une série de capsules vidéos créées par les enseignants. Lien : https://www.youtube.com/playlist?list=PLd5KCIp7jmqeEunrycs-LwT2PGGTA-v9-
Mode d'évaluation
Les modalités prévues pour les examens sont susceptibles d'être modifiées en fonction des dispositions prises suivant l'évolution de la situation sanitaire
L’évaluation du cours s’axe sur la réalisation d’un projet personnel : les étudiants reçoivent, en début de quadrimestre, un jeu de données qu’ils doivent décrire, manipuler et représenter afin de répondre à des questions précises posées par les enseignants. Les étudiants travaillent sur leur projet au cours des différentes séances de travaux pratiques ainsi qu’en autonomie.
L’évaluation se déroule en trois temps :
Évaluation des travaux pratiques (35% de la cote finale, réussite ≥ 7/20)
A la fin de chaque séance de travaux pratiques, l’étudiant se connecte à Webcampus et :
· Dépose son script sur la plateforme et le soumet
· Répond au test en ligne
La cote des travaux pratiques correspond à la moyenne des trois tests de sortie pondérée par le niveau de difficulté de chaque test. La participation à l'ensemble des séances de travaux pratiques est obligatoire. Toute absence non-justifiée aux travaux pratiques entraine une pénalité de 1pt par absence sur la note finale de l'UE.
Projet (30% de la cote finale, réussite ≥ 10/20)
Le projet contient le script clarifié et correctement commenté de l’étudiant.
Oral (35% de la cote finale, réussite ≥ 10/20)
L’évaluation est complétée par un examen oral (~10 minutes/étudiants) au cours duquel l’enseignant questionne l’étudiant sur sa démarche, son script et sa description des résultats. Lors de cet examen, l’étudiant peut avoir son projet avec lui. L'étudiant se doit de répondre aux questions en utilisant les termes appropriés vus aux cours théoriques. Lors de l’évaluation orale, l’étudiants doit également répondre à une sélection de questions issues des tests en ligne réalisés lors des TPs. Les réponses à ces questions conditionnent la réussite de l’examen oral.
Un échec à l'une des trois parties entraine un échec global.
La réussite d'une des trois parties est reportée d'une session à l'autre au cours d'une même année académique mais pas d'une année académique à l'autre.
Langue d'enseignement
FrançaisLieu de l'activité
NAMURFaculté organisatrice
Faculté des sciencesRue de Bruxelles, 61
5000 NAMUR
