Cours 2017-2018

Méthodologie scientifique et statistique [SBIOB218]

  • 3 crédits
  • 19h+19h
  • 1er et 2e quadrimestre
Langue d'enseignement: Français

Acquis d'apprentissage

Statistiques (Prof. Eric Depiereux)

Maitriser la terminologie et les concepts de base des analyses statistiques.

Tirer des conclusions scientifiques de l'intervalle de confiance et des conclusions  des tests d'hypothèse.

Interpréter  les résultats d'analyses statistiques élémentaires.

Gérer le risque d'erreur associé aux conclusions.

Décrire une série de mesures expérimentales de façon adéquate

Acquérir une vision critique d'un document traitant de statistiques, textes, formules, tableaux et figures. 

EBM (Prof JM Vandeweerd)

L'étudiant sera capable de rechercher les articles utiles pour répondre à une question scientifique. Il pourra les lire de façon critique, en utilisant les concepts de l'EBM et de l'épidémiologie clinique.

 

Objectifs

Le cours consiste en deux partie et vise à former l'étudiant à la démarche scientifique de recherche, critique et prise de décision informée. La première partie forme à la critique et utilisation de l'information scientifique. La deuxième partie vise plus particulièrement à introduire aux tests diagnostiques, études épidémiologiques, et effet des substances thérapeutiques. Diverses applications sont envisagées.

Faire comprendre la variabilité des donnée biologiques (biomédicales) et apprécier l'enjeu de leur traitement statistique approprié.

Développer un sens critique vis à vis de l’interprétation des résultats.

Développer l’autonomie de l’apprentissage et la mobilisation des resources disponibles

Les classes inversées ont pour objectif d’aider l’étudiant à :

Diagnostiquer les concepts mal maîtrisés et formuler les questions adéquates  pour les comprendre.

Tirer parti des ressources mises en ligne, de l'évaluation formative en ligne, des travaux pratiques et de l'évaluation continue.

Maitriser un calendrier de travail régulier, être proactif en anticipant l'appropriation de la matière par rapport aux échéances des Tps, classes inversées et évaluations. 

Maitriser la technique d'évaluation par QCM avec coefficient de certitude.

Contenu

Introduction à l'evidence based medicine Recherche de l'information scientifique Grille de lecture d'articles scientifiques.

Notion de variabilité et synthèse des observations expérimentales.

Notions de probabilité et modélisation des variables aléatoires.

Techniques d'inférence et maîtrise des risques d'erreur. Une attention particulière est accordée au problèmes de sensibilité et spécificité, d'intervalle de confiance des estimations et de la gestion des risques d'erreur dans les tests d'hypothèse.

Diverses applications en médecine vétérinaire sont abordées.

 

Table des matières

RECHERCHE DOCUMENTAIRE ET CRITIQUE

Introduction à l'evidence based medicine

Recherche de l'information scientifique

Grille de lecture d'essais cliniques

Synthèse méthodique

STATISTIQUES 

Avant-propos
Variabilités et erreurs
Description des données
Variabilité conjointe de deux variables
Etude du hasard
Modélisation de la variabilité
    Le modèle binomial
    Le modèle de Poisson
    Le modèle Normal de Gauss et Laplace
    Le modèle de Student
    Le Modèle du Khi-Carré
    Modèle de Fisher
Imprécision et incertitude
Décisions et risques d’erreur
Maitrise des risques d’erreur
Tests d’hypothèse relatifs aux variances
Tests d’hypothèse relatifs aux moyennes
Tests d’hypothèse relatifs aux fréquences
Comparaisons de moyennes : ANOVA I fixe
Contrastes ou comparaisons post-hoc

 

Description des exercices

Il n'y a pas de TP en recherche documentaire et critique de l'information scientifique

En statistiques, Plusieurs séances d’exercices de 2 ou 3 h par groupe d’une vingtaine ou d’une quarantaine d’étudiants dont l’horaire et les programmes sont publiés en début de semestre.

La participation aux Tps est obligatoire (voir la section malus de l’évaluation) Un bonus peut être accordé sur les rapports de Tp suivant des modalités communiquées aux Tps.


Méthodes d'enseignement

Professeur Vandeweerd : Le cours de recherche documentaire et de critique de l'information scientifique repose sur le "Manuel de médecine factuelle". Edition du point vétérinaire. JM Vandeweerd. Ce manuel vous accompagnera en Bac 2 et 3, puis en GMV 1 et 2. Une série de cours présente les concepts de l'EBM.

Professeur Depiereux : Le cours repose sur un livre de référence très détaillé qui représente le "contrat contenu" à maîtriser par les étudiants.  Des exposés ex-cathedra,  disponibles sous forme de vidéos, se concentre sur les principaux obstacles de l'apprentissage. Ce dispositif est doublé d'un site web d'auto apprentissage qui est le fruit d'une collaboration étroite entre différents spécialistes de cette matière et d'un site web d'évaluation formative eTests et qui est un dispositif très apprécié des étudiants.

Le temps présentiel est consacré à des classes inversées durant lesquelles des questions sont décortiquées et résolues en interaction, en alternance avec des interrogations (voir : évaluation continue).

Le dispositif présentiel est complété de séances de travaux pratiques sur ordinateur évalués continuellement sur base de rapports (voir: évaluation)  et de séances de questions en auditoire.

 
 

Mode d'évaluation

Professeur Vandeweerd : Les modalités d'évaluation sont décrites dans un document propre présenté en début d'année et disponible sur webcampus. Cette partie du cours compte pour 5 points sur 20.

Professeur Depiereux :
 

valuation formative : L’étudiant peut

-recevoir un feed-back lors des corrections des travaux/exercices aux séances de travaux pratiques ;

-s’auto-évaluer sur la plateforme eTests qui propose des exercices QCM corrigés semblables à ceux de l’évaluation certificative.

Evaluation continue théorique: plusieurs interrogations sous forme de QCM sont organisées en cours du quadrimestre selon un calendrier fixé au début de semestre.  Les QCMs portent sur l'ensemble des modules vus depuis le début du cours. Les notes de l'évaluation continue sont prises en compte pour le calcul de la note finale de 1ère session selon des modalités définies au premier cours.

Evaluation continue pratique: Les travaux pratiques seront évalués continuellement sur base de rapports. Les rapports rendus hors délais ne seront pas corrigés. Une seconde session sera organisée sur demande de l'étudiant. Elle se fera sous forme de questions ouvertes et/ou de QCMs. Les consignes et le nombre de rapport seront précisés en travaux pratiques.

Evaluation certificative:   en première session: un examen est organisé en fin de semestre sous la forme de QCMs qui couvrent l'ensemble du cours théorique. La note de 1ère session est constituée des résultats de l'évaluation continue théorque et de l'examen (75% de la note finale). 25 % de la note finale est consituée de la moyenne des rapports de la partie pratique.

En seconde session: en cas d'échec sur la partie théorique, un examen est organisé sous la forme de QCMs qui couvrent l'ensemble du cours théorique. La note théorique de seconde session est constituée des résultats de cet examen. En cas d'échec sur la partie partique une seconde session sera organisée sur demande de l'étudiant. Elle se fera sous forme de questions ouvertes et/ou de QCMs. La note pratique de seconde session est constituée des résultats de cet examen.

La note finale est consituée à 75% de la note théorique et à 25 % de la note pratique, chacune ayant été obtenue en première ou seconde session.

Modalités des évaluations continues et certificative:

Lors des évaluations continues et certificatives, une copie papier des tables et formulaires (publiées sur le site web) est disponible individuellement. Aucune démonstration n'est demandée. Les coefficients de certitude (de 0 à 3) sont calibrés pour qu'un étudiant qui répond correctement à toutes les questions avec certitude 2 ait une note de 20/20. L'omission (coefficient 0) n'est pas pénalisée. Un étudiant ne sera pas mis en échec à cause d'une pénalité due aux coefficients de certitude. Les calculs numériques sont adaptés au calcul mental, les calculettes ne sont pas nécessaires, ni admises.

Bonus : les remarques pertinentes et originales sur le livre de référence seconde édition,  communiquées avant le début de la session d'examen selon les modalités décrites sur Webcampus seront bonifiée d'un bonus pouvant atteindre 0,5 point. Un bonus peut être accordé sur les rapports de Tp suivant des modalités communiquées aux Tps.

Malus : toute absence aux travaux pratiques non justifiée par un document officiel (certificat médical, convocation de justice ...) sera sanctionnée de -1 point, par absence sur la cote globale de première session.  L'étudiant s'engage à remettre le document officiel au secrétariat des sciences.  La non consitution du PAE ne sera pas une excuse d'absence.

 

Les professeurs Vandeweerd  et Depiereux donnent une note distincte. En cas de réussite des deux parties, la note globale en est la moyenne arithmétique. Un échec (cote < 10) dans au moins une des deux parties entraine un échec global (moyenne plafonnée à 9). En deuxième session, un étudiant est dispensé d’une des deux parties s’il y a obtenu une cote ≥ 10. Ces dispenses sont reportées d’une année académique à l’autre, pour autant que l'étudiant le rappelle au moment de l'examen.

Sources, références et supports éventuels

"Manuel de médecine factuelle". Edition du point vétérinaire; Par JM Vandeweerd.
 

De la variabilité aux risques d'erreur : Analyse critique des résultats expérimentaux et de la fiabilité d'une décision clinique. Deuxième édition.Eric Depiereux Presses universitaires de Namur, 2016 ISBN 

 

site d'auto apprentissage  http://webapps.fundp.ac.be/biostats/

site d'évaluation formative en ligne http://webapps.fundp.ac.be/umdb/etests/

 

De la variabilité aux risques d'erreur : Analyse critique des résultats expérimentaux et de la fiabilité d'une décision clinique

 

Eric Depiereux Presses universitaires de Namur, 2013 ISBN : 978-2-87037-789-5

site d'auto apprentissage  http://webapps.fundp.ac.be/biostats/

site d'évaluation formative en ligne http://webapps.fundp.ac.be/umdb/etests/

vidéos d'exposés sur les parties importantes de la matière (en streaming). Les versions HD sont téléchargeables aux Tps par clé USB sur les ordinateurs des pools.

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-000-ipod.mp4

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-010-010-ipod.mp4

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Langue d'enseignement

Français

Lieu de l'activité

NAMUR

Faculté organisatrice

Faculté des sciences
Rue de Bruxelles, 61
5000 NAMUR

Cycle

Etudes de 1er cycle