Cours 2019-2020

Méthodologie scientifique et statistique [SBIOB218]

  • 3 crédits
  • 19h+19h
  • 1er et 2e quadrimestre
Langue d'enseignement: Français

Acquis d'apprentissage

Statistiques (Prof. Eric Depiereux)

A l’issue de ce cours, l’étudiant sera capable de maitriser les concepts statistiques clés : 

(1) Définir les notions de variabilité, d’échantillonnage, de variables aléatoires et de risque d’erreur. (

2) Distinguer les différentes sources de variabilité (l’information et le bruit). 

(3) Distinguer la nature des risques d’erreur.

EBM (Prof JM Vandeweerd)

L'étudiant sera capable de rechercher les articles utiles pour répondre à une question scientifique. Il pourra les lire de façon critique, en utilisant les concepts de l'EBM et de l'épidémiologie clinique.

 

Objectifs

Statistiques (Prof. Eric Depiereux)

Conduire une démarche statistique mobilisant les 8 étapes de manière chronologique pour répondre à une problématique biologique

(1) Formuler des hypothèses en termes statistiques.

(2) Définir une variable mesurable permettant de tester les hypothèses.

(3) Choisir parmi les modèles proposés un modèle adéquat en lien avec les hypothèses et la variable.

(4) Déterminer les risques d’erreurs acceptables et la taille de l’échantillon adéquate.

(5) Décrire les données par des graphiques et des statistiques.

(6) Enoncer clairement les résultats liés aux graphes et aux statistiques.

(7) Comparer les statistiques observées aux statistiques modélisées.

(8) Formuler une conclusion validée par le test d’inférence statistique.

Contenu

Introduction à l'evidence based medicine Recherche de l'information scientifique Grille de lecture d'articles scientifiques.

Notion de variabilité et synthèse des observations expérimentales.

Notions de probabilité et modélisation des variables aléatoires.

Techniques d'inférence et maîtrise des risques d'erreur. Une attention particulière est accordée au problèmes de sensibilité et spécificité, d'intervalle de confiance des estimations et de la gestion des risques d'erreur dans les tests d'hypothèse.

Diverses applications en médecine vétérinaire sont abordées.

 

Table des matières

RECHERCHE DOCUMENTAIRE ET CRITIQUE

Introduction à l'evidence based medicine

Recherche de l'information scientifique

Grille de lecture d'essais cliniques

Synthèse méthodique

STATISTIQUES 

Avant-propos
Variabilités et erreurs
Description des données
Variabilité conjointe de deux variables
Etude du hasard
Modélisation de la variabilité
    Le modèle binomial
    Le modèle de Poisson
    Le modèle Normal de Gauss et Laplace
    Le modèle de Student
    Le Modèle du Khi-Carré
    Modèle de Fisher
Imprécision et incertitude
Décisions et risques d’erreur
Maitrise des risques d’erreur
Tests d’hypothèse relatifs aux variances
Tests d’hypothèse relatifs aux moyennes
Tests d’hypothèse relatifs aux fréquences
Comparaisons de moyennes : ANOVA I fixe
Contrastes ou comparaisons post-hoc

 

Description des exercices

Il n'y a pas de TP en recherche documentaire et critique de l'information scientifique

En statistiques, Plusieurs séances d’exercices de 2 ou 3 h par groupe d’une vingtaine ou d’une quarantaine d’étudiants dont l’horaire et les programmes sont publiés en début de semestre.

La participation aux Tps est obligatoire (voir la section malus de l’évaluation) Un bonus peut être accordé sur les rapports de Tp suivant des modalités communiquées aux Tps.


Méthodes d'enseignement

Professeur Vandeweerd : Le cours de recherche documentaire et de critique de l'information scientifique repose sur le "Manuel de médecine factuelle". Edition du point vétérinaire. JM Vandeweerd. Ce manuel vous accompagnera en Bac 2 et 3, puis en GMV 1 et 2. Une série de cours présente les concepts de l'EBM.

Professeur Depiereux : Le cours est vu en auto-apprentissage (Modules 10 à 140) sur base de (i) un livre de référence (voir références) très détaillé qui représente le "contrat contenu" à maîtriser par les étudiants  (ii) un site web d'apprentissage http://webapps.fundp.ac.be/umdb/biostats2017/  (iii) un site web d'évaluation formative http://webapps.fundp.ac.be/umdb/etests/   (iv) les videos du cours (voir références). Ce dispositif est doublé de classes inversées dont les rendez vous et matières associées font l'objet d'un échéancier publié sur Webcampus.
 
 

Mode d'évaluation

Professeur Vandeweerd : Les modalités d'évaluation sont décrites dans un document propre présenté en début d'année et disponible sur webcampus.

Professeur Depiereux :
 

Evaluation formative : L’étudiant peut

- recevoir un feed-back lors des corrections des travaux/exercices aux séances de travaux pratiques ;

- s’auto-évaluer sur la plateforme eTests qui propose des exercices QCM corrigés semblables à ceux de l’évaluation certificative.

Evaluation continue théorique: plusieurs interrogations sous forme de QCM sont organisées en cours du quadrimestre selon un calendrier fixé au début de semestre.  Les QCMs portent sur l'ensemble des modules vus depuis le début du cours. Les notes de l'évaluation continue sont prises en compte pour le calcul de la note finale de 1ère session selon des modalités définies au premier cours.

Evaluation continue pratique: Les travaux pratiques seront évalués continuellement sur base de rapports. Les rapports rendus hors délais ne seront pas corrigés.  Les consignes et le nombre de rapport seront précisés en travaux pratiques. Il n'y pas de seconde session pour cette partie. 

Evaluation certificative:   en première session: un examen est organisé en fin de semestre sous la forme de QCMs qui couvrent l'ensemble du cours théorique. La note  est constituée des résultats de l'évaluation continue théorque et de l'examen (75% de la note finale). 25 % de la note finale est consituée de la moyenne des rapports de la partie pratique.

En seconde session: en cas d'échec sur la partie théorique, un examen est organisé sous la forme de QCMs qui couvrent l'ensemble du cours théorique. La note finale  de seconde session est constituée des résultats de cet examen et la note d'évaluation continue obtenue pour les Tps durant le semestre (75% et 25%).

Modalités des évaluations continues et certificative:

Lors des évaluations continues et certificatives, une copie papier des tables et formulaires (publiées sur le site web) est disponible individuellement. Aucune démonstration n'est demandée. Les coefficients de certitude (de 0 à 3) sont calibrés pour qu'un étudiant qui répond correctement à toutes les questions avec certitude 2 ait une note de 20/20. L'omission (coefficient 0) n'est pas pénalisée. Un étudiant ne sera pas mis en échec à cause d'une pénalité due aux coefficients de certitude de moins de deux points. Les calculs numériques sont adaptés au calcul mental, les calculettes ne sont pas nécessaires, ni admises. La simple possession d'un appareil électronique quelconque, allumé ou éteint, consulté ou  non, sera considéré comme un cas de fraude et soumis au jury de délibération. Les conséquences de la fraude sont décrites dans le réglement des études et des examens.

Bonus : les remarques pertinentes et originales sur le livre de référence seconde édition,  communiquées avant le début de la session d'examen selon les modalités décrites sur Webcampus seront bonifiée d'un bonus pouvant atteindre 0,5 point. Un bonus peut être accordé sur les rapports de Tp suivant des modalités communiquées aux Tps.

Les professeurs Vandeweerd  et Depiereux donnent une note distincte. En cas de réussite des deux parties, la note globale en est la moyenne arithmétique. Un échec (cote < 10) dans au moins une des deux parties entraine un échec global (moyenne plafonnée à 9). En deuxième session, un étudiant est dispensé d’une des deux parties s’il y a obtenu une cote ≥ 10. Ces dispenses sont reportées d’une année académique à l’autre, pour autant que l’étudiant adresse en session un courrier électronique aux deux titulaires, précisant le N° du cours, le N° de la carte d’étudiant et  l’année et la session à laquelle la note partielle a été acquise..

 

Sources, références et supports éventuels

"Manuel de médecine factuelle". Edition du point vétérinaire; Par JM Vandeweerd.
 

De la variabilité aux risques d'erreur : analyse critique des résultats expérimentaux et de la fiabilité d'une décision clinique. Eric Depiereux. Presses universitaires de Namur, 2016 2e ed. ISBN-13 : 9782870379516 http://pun.be/fr/livre/?GCOI=99993100909050 (vente étudiant -50% librairie centrale de l'UNamur).

 

site d'auto apprentissage  http://webapps.fundp.ac.be/biostats/

site d'évaluation formative en ligne http://webapps.fundp.ac.be/umdb/etests/

Vidéos en ligne:

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-000-ipod.mp4

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-010-010-ipod.mp4

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-010-020-ipod.mp4

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-010-025-ipod.mp4

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-010-030-ipod.mp4

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-020-010-ipod.mp4

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-020-020-ipod.mp4

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-020-030-ipod.mp4

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-020-040-ipod.mp4

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-030-010-ipod.mp4

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-030-020-ipod.mp4

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-030-030-ipod.mp4

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Langue d'enseignement

Français

Lieu de l'activité

NAMUR

Faculté organisatrice

Faculté des sciences
Rue de Bruxelles, 61
5000 NAMUR

Cycle

Etudes de 1er cycle