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Cours 2020-2021

Notions de statistiques - Partim Biologie [SBIOB205]

  • 3 crédits
  • 15h+15h
  • 1er quadrimestre
Langue d'enseignement: Français
Enseignant: Depiereux Eric

Acquis d'apprentissage

Les modalités prévues dans cette fiche descriptive sont susceptibles d'être modifiées en fonction des dispositions prises suivant l'évolution de la situation sanitaire 

 

A l’issue de ce cours, l’étudiant sera capable de maitriser les concepts statistiques clés : 

(1) Définir les notions de variabilité, d’échantillonnage, de variables aléatoires et de risque d’erreur. (

2) Distinguer les différentes sources de variabilité (l’information et le bruit). 

(3) Distinguer la nature des risques d’erreur.

Objectifs

Conduire une démarche statistique mobilisant les 8 étapes de manière chronologique pour répondre à une problématique biologique

(1) Formuler des hypothèses en termes statistiques.

(2) Définir une variable mesurable permettant de tester les hypothèses.

(3) Choisir parmi les modèles proposés un modèle adéquat en lien avec les hypothèses et la variable.

(4) Déterminer les risques d’erreurs acceptables et la taille de l’échantillon adéquate.

(5) Décrire les données par des graphiques et des statistiques.

(6) Enoncer clairement les résultats liés aux graphes et aux statistiques.

(7) Comparer les statistiques observées aux statistiques modélisées.

(8) Formuler une conclusion validée par le test d’inférence statistique.

 

Contenu

Notion de variabilité et synthèse des observations expérimentales.

Notions de probabilité et modélisation des variables aléatoires.

Techniques d'inférence et maîtrise des risques d'erreur.

Table des matières

Avant-propos

Variabilités et erreurs

Description des données

Variabilité conjointe de deux variables

Etude du hasard

Modélisation de la variabilité

    Le modèle binomial

    Le modèle de Poisson

    Le modèle Normal de Gauss et Laplace

    Le modèle de Student

    Le Modèle du Khi-Carré

    Modèle de Fisher

Imprécision et incertitude

Décisions et risques d’erreur

Maitrise des risques d’erreur

Tests d’hypothèse relatifs aux variances

Tests d’hypothèse relatifs aux moyennes

Tests d’hypothèse relatifs aux fréquences

Comparaisons de moyennes : ANOVA I fixe

Contrastes ou comparaisons post-hoc

Description des exercices

Les modalités prévues pour les Tps sont susceptibles d'être modifiées en fonction des dispositions prises suivant l'évolution de la situation sanitaire

Plusieurs séances d’exercices de 2h par groupe d’une vingtaine d’étudiants dont l’horaire et les programmes sont publiés en début de semestre.

La participation aux Tps est obligatoire et ce même si le PAE n'est pas clôturé.

Les travaux pratiques seront évalués continuellement sur base de rapports. Les rapports non rendus ou rendus hors délais ne seront pas corrigés et cotés 0/20. Les rapports dont  l'envoi n'a pas été validé (voir procédures Webcampus) sont considérés comme non remis.


Méthodes d'enseignement

Les modalités d'enseignement et d'évaluation des unités d'enseignement ont été rédigées en fonction de la situation à la rentrée académique 2020-2021. Cependant, ces modalités pourraient faire l'objet de modifications en fonction de l'évolution de la crise sanitaire liée à la covid-19. Les étudiants seront informés de toute modification de la situation générale (passage à l'enseignement à distance partiel ou complet) par les autorités de l'UNamur tandis que les modifications propres à chaque unité d'enseignement leur seront communiquées par les enseignants, via webcampus

Le cours est vu en auto-apprentissage (Modules 10 à 140) sur base de (i) un livre de référence (voir références) très détaillé qui représente le "contrat contenu" à maîtriser par les étudiants  (ii) un site web d'apprentissage http://webapps.fundp.ac.be/umdb/biostats2017/  (iii) un site web d'évaluation formative http://webapps.fundp.ac.be/umdb/etests/   (iv) les videos du cours (voir références). Ce dispositif est doublé de classes inversées en TEAMS  dont les rendez vous et matières associées font l'objet d'un échéancier publié sur Webcampus.

 

Mode d'évaluation

Les modalités d'enseignement et d'évaluation des unités d'enseignement ont été rédigées en fonction de la situation à la rentrée académique 2020-2021. Cependant, ces modalités pourraient faire l'objet de modifications en fonction de l'évolution de la crise sanitaire liée à la covid-19. Les étudiants seront informés de toute modification de la situation générale (passage à l'enseignement à distance partiel ou complet) par les autorités de l'UNamur tandis que les modifications propres à chaque unité d'enseignement leur seront communiquées par les enseignants, via webcampus

Evaluation formative : L’étudiant peut

- recevoir un feed-back lors des corrections des travaux/exercices aux séances de travaux pratiques ;

- s’auto-évaluer sur la plateforme eTests qui propose des exercices QCM corrigés semblables à ceux de l’évaluation certificative.

Evaluation continue pratique: Les travaux pratiques seront évalués continuellement sur base de rapports. Les rapports rendus hors délais ne seront pas corrigés.  Les consignes et le nombre de rapport seront précisés en travaux pratiques. Il n'y pas de seconde session pour cette partie. 

Evaluation certificative:   en première session: un examen est organisé en fin de semestre sous la forme de QCMs qui couvrent l'ensemble du cours théorique. La note  est constituée des résultats de l'évaluation continue théorque et de l'examen (75% de la note finale). 25 % de la note finale est consituée de la moyenne des rapports de la partie pratique.

En seconde session: en cas d'échec sur la note globale, un examen est organisé sous la forme de QCMs qui couvrent l'ensemble du cours théorique. La note finale  de seconde session est constituée des résultats de cet examen et la note d'évaluation continue obtenue pour les Tps durant le semestre (75% et 25%).

Modalités des évaluations continues et certificative:

Lors des évaluations continues et certificatives, une copie papier des tables et formulaires (publiées sur le site web) est disponible individuellement. Aucune démonstration n'est demandée. Les coefficients de certitude (de 0 à 3) sont calibrés pour qu'un étudiant qui répond correctement à toutes les questions avec certitude 2 ait une note de 20/20. L'omission (coefficient 0) n'est pas pénalisée. Un étudiant ne sera pas mis en échec à cause d'une pénalité due aux coefficients de certitude de moins de deux points. Les calculs numériques sont adaptés au calcul mental, les calculettes ne sont pas nécessaires, ni admises. La simple possession d'un appareil électronique quelconque, allumé ou éteint, consulté ou  non, sera considéré comme un cas de fraude et soumis au jury de délibération. Les conséquences de la fraude sont décrites dans le réglement des études et des examens.

Les modalités prévues pour les examens sont susceptibles d'être modifiées en fonction des dispositions prises suivant l'évolution de la situation sanitaire

Bonus : les remarques pertinentes et originales sur le livre de référence seconde édition,  communiquées avant le début de la session d'examen selon les modalités décrites sur Webcampus seront bonifiée d'un bonus pouvant atteindre 0,5 point. Un bonus peut être accordé sur les rapports de Tp suivant des modalités communiquées aux Tps.

 

Sources, références et supports éventuels

De la variabilité aux risques d'erreur : Analyse critique des résultats expérimentaux et de la fiabilité d'une décision clinique Eric Depiereux, seconde édition Presses universitaires de Namur, 2016 ISBN : 

site d'auto apprentissage  http://webapps.fundp.ac.be/biostats/

site d'évaluation formative en ligne http://webapps.fundp.ac.be/umdb/etests/

 

De la variabilité aux risques d'erreur : Analyse critique des résultats expérimentaux et de la fiabilité d'une décision clinique

 

Eric Depiereux Presses universitaires de Namur, 2013 ISBN : 978-2-87037-789-5

site d'auto apprentissage  http://webapps.fundp.ac.be/biostats/

site d'évaluation formative en ligne http://webapps.fundp.ac.be/umdb/etests/

Vidéos

 

Générique

 

Moyenne, variance, SCE

 

Module 10-1 

Module 10-2 

Module 10-3

Module 10-4

 

Corrélation, détermination , régression

 

Module 20-1 

Module 20-2

Module 20-3

Module 20-4 

 

Probabilité, sensibilité, spécificité

 

Module 30-1

Module 30-2 

Module 30-3

Module 30-4

Module 30-5

 

Modèles de variables aléatoires

 

Module 40-1

Module 50-1

Module 70-1 

Module 70-2 

Module 70-3

Module 80-1

Module 90-1

Module 90-2

 

Inférence: intervalle de confiance 

module 105-1

module 105-2

module 105-3

module 105-4

 

Inférence: test d’hypothèse

module 110-1

module 110-2

module 110-3

 

Inférence: risques d’erreur 

module 120-1

module 120-2

module 120-3

 

Test d’hypothèse : variances 

 

module 125-1

 

Test d’hypothèse : moyennes

module 130-1

module 130-2

module 130-3

 

Test d’hypothèse : fréquences 

 

module 135-1

 

Test d’hypothèse : ANOVA I 

 

module 140-1

module 140-2

 

Test d’hypothèse : contrastes

 

module 150-1

module 150-2

 

 

Langue d'enseignement

Français

Lieu de l'activité

NAMUR

Faculté organisatrice

Faculté des sciences
Rue de Bruxelles, 61
5000 NAMUR

Cycle

Etudes de 1er cycle