Cours 2018-2019

Biostatistique [MBIOB131]

  • 4 crédits
  • 24h+15h
  • 2e quadrimestre
Langue d'enseignement: Français

Acquis d'apprentissage

A l’issue de ce cours, l’étudiant sera capable de :

·      Maitriser la terminologie et les concepts de base des analyses statistiques.

·      Tirer des conclusions scientifiques de l'intervalle de confiance et des conclusions  des tests d'hypothèse.

·      Interpréter  les résultats d'analyses statistiques élémentaires.

·      Gérer le risque d'erreur associé aux conclusions.

·      Décrire une série de mesures expérimentales de façon adéquate

·      Expliquer le principe et les limites des:

o   méthodes d’inférence statistique de base

o   méthodes utilisées pour évaluer les outils diagnostiques

o   des essais cliniques destinés à évaluer les traitements.

·      Acquérir une vision critique d'un document traitant de statistiques, textes, formules, tableaux et figures

Objectifs

La recherche médicale permet de faire progresser la connaissance médicale dans le but de mieux comprendre les maladies, de mieux les diagnostiquer et de mieux traiter les malades.

Celle-ci repose grandement sur l’analyse statistique des données qui se décompose principalement en deux types de méthodes :

1.      L’analyse descriptive qui consiste en la description des données expérimentales discrètes ou continues, censurées ou non.

2.      L’inférence statistique qui consiste à utiliser des observations faites sur un échantillon particulier pour tenter de tirer des conclusions générales

L’objectif de ce cours est de fournir à l’étudiant les notions théoriques nécessaires pour comprendre le principe et entrevoir les limites de l’analyse descriptive et inférentielle des données médicales afin de pouvoir critiquer les résultats de la recherche médicale ainsi que les recommandations en matière de diagnostic et de traitement qui en découlent.

Les classes inversées (Eric Depiereux) ont pour objectif d’aider l’étudiant à :

·      Diagnostiquer les concepts mal maîtrisés et formuler les questions adéquates  pour les comprendre.

·      Tirer parti des ressources mises en ligne, de l'évaluation formative en ligne, des travaux pratiques et de l'évaluation continue.

·      Maitriser un calendrier de travail régulier, être proactif en anticipant l'appropriation de la matière par rapport aux échéances des Tps, classes inversées et évaluations. 

·      Maitriser la technique d'évaluation par QCM avec coefficient de certitude.

 

Contenu

L'approche fondamentale est détaillée par Eric Depiereux (UNamur) et les applications médicales par Benoit Bihin (UNamur et CHU UCL Namur

Notion de variabilité et synthèse des observations expérimentales.

Notions de probabilité et modélisation des variables aléatoires.

Techniques d'inférence et maîtrise des risques d'erreur.

Biostatistiques cliniques : données de survie, test diagnostique, essais cliniques .

 

Table des matières

Partie I Approche fondamentale

Variabilités et erreurs

Description des données

Variabilité conjointe de deux variables

Etude du hasard

Modélisation de la variabilité

  Le modèle binomial

  Le modèle de Poisson

  Le modèle Normal de Gauss et Laplace

  Le modèle de Student

  Le Modèle du Khi-Carré

  Le Modèle de Fisher

Imprécision et incertitude

Décisions et risques d’erreur

Maitrise des risques d’erreur

Tests d’hypothèse relatifs aux

variances

moyennes

fréquences

Comparaisons de moyennes : ANOVA I fixe

Contrastes ou comparaisons post-hoc

Partie II : Biostatistique clinique

Données de survie

·      Caractéristiques

·      Analyse descriptive

·      Modèles statistiques

·      Inférence statistique

Evaluation d’un test diagnostique

·      Réponse qualitative

·      Réponse quantitative

Essais cliniques

·      Schéma général

·      Sélection des sujets

·      Attribution des traitements

·      Mesure de l’effet

·      Analyse des résultats

·      Exemples

Problèmes courants

·      Normalité des données

·      Données appariées

·      Régression vers la moyenne

·      Paradoxe de Simpson

·      Estimation du nombre d’individus nécessaire

Description des exercices

Il y a 7 séances d’exercices de 2 ou 3 h par groupe d’une vingtaine ou d’une quarantaine d’étudiants.

Les séances se répartissent comme suit :

•        Partie I : 4 séances de 2 h

•        Partie II : 2 séances de 2 h et 1 séance de 3 h

 

La participation aux Tps est obligatoire (voir la section malus de l’évaluation)

 


Méthodes d'enseignement

Eric Depiereux. Le cours repose sur un livre de référence très détaillé qui représente le "contrat contenu" à maîtriser par les étudiants.  Des exposés ex-cathedra,  disponibles sous forme de vidéos, se concentre sur les principaux obstacles de l'apprentissage. Ce dispositif est doublé d'un site web d'auto apprentissage qui est le fruit d'une collaboration étroite entre différents spécialistes de cette matière et d'un site web d'évaluation formative eTests et qui est un dispositif très apprécié des étudiants. Le temps présentiel est consacré à des classes inversées durant lesquelles des questions sont décortiquées et résolues en interaction en auditoire.

Benoit Bihin. La matière est présentée aux cours ex-cathedra et les copies des slides sont disponibles sur Webcampus.

Le dispositif présentiel est complété de séances de travaux pratiques sur ordinateur et de séances de questions en auditoire.

Mode d'évaluation

Evaluation formative : L’étudiant peut

recevoir un feed-back lors des corrections des travaux/exercices aux séances de travaux pratiques

s’auto-évaluer sur la plateforme eTests qui propose des exercices QCM corrigés semblables à ceux de l’évaluation certificative

 

Evaluation certificative:

Chacune des deux parties du cours est évaluée séparément à l’aide de questionnaires QCM à coefficients de certitudes reprenant des questions relatives cours théorique et aux séances de travaux pratiques  et d'éventuelles questions ouvertes.

Un formulaire complet (tel que disponible sur le site web) est fourni. Les calculs numériques sont adaptés au calcul mental, les calculettes ne sont pas nécessaires, ni admises. La simple possession d'un appareil électronique quelconque, allumé ou éteint, consulté ou  non, sera considéré comme un cas de fraude et soumis au jury de délibération. Les conséquences de la fraude sont décrites dans le réglement des études et des examens.

Chaque partie donne lieu à une cote distincte. En cas de réussite des deux parties, la cote globale en est la moyenne arithmétique. Un échec (cote < 10) dans au moins une des deux parties entraine un échec global (moyenne plafonnée à 9). En deuxième session, un étudiant est dispensé d’une des deux parties s’il y a obtenu une cote ≥ 10. Ces dispenses ne peuvent pas être reportées d’une année académique à l’autre.

Bonus : Les remarques pertinentes à propos du livre (Eric Depiereux)  ou des slides (Benoit Bihin) formulées suivant une procédure communiquée en début de cours seront gratifiées d’un bonus pouvant atteindre 0,5 point maximum sur la note de première session.

Malus : toute absence aux TP non justifiées par un document officiel (certificat médical, convocation de justice ...) à remettre au secrétariat de médecine et tout travail de TP non remis à temps ou incomplet sera sanctionné de -1 point, par absence et/ou par retard, sur la cote globale de première session. 

Sources, références et supports éventuels

Maitrise de la variabilité et gestion des risques d’erreur: initiation à la critique des mesures sur lesquelles se base un diagnostic
Troisième édition - Eric Depiereux, Presses Universitaires de Namur 2015  ISBN : 978-2-87037-857-1

site d'auto apprentissage  http://webapps.fundp.ac.be/biostats/

site d'évaluation formative en ligne http://webapps.fundp.ac.be/umdb/etests/

vidéos d'exposés sur les parties importantes de la matière (en streaming). Les versions HD sont téléchargeables aux Tps par clé USB sur les ordinateurs des pools.

http://medias.save.fundp.ac.be/videos/webcampus/2015-cours-biostatistique-depiereux/201506-biostat-000-ipod.mp4

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Langue d'enseignement

Français

Lieu de l'activité

NAMUR

Faculté organisatrice

Faculté de médecine
rue de Bruxelles
61
5000 NAMUR
T. 081724347
F. 081724327
administration-medecine@unamur.be

Cycle

Etudes de 1er cycle
BlocCrédits
Bachelier en médecine14