Le CERPE développe des travaux de recherches théoriques et appliqués en économie régionale et politique économique avec un regard privilégié sur la Région wallonne. Quatre axes de recherche sont privilégiés: 1) le fédéralisme fiscal et les finances publiques fédérales, régionales et communautaires ; 2) le coût du capital, la taxation effective et l'investissement ; 3) l'économie du travail et la politique de l'emploi ; 4) la dynamique régionale.